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Doctoral Thesis
2001

Untersuchung der Informativität neuer Mikrosatellitenloci beim Kamel

Evdotchenko, Dmitri
  Diss.pdf  (8.31 MB)

Abstract (English)

The goal of the investigations was it to use new primers for the representation of polymorphic microsatellite loci in different camel species and to examine new microsatellite loci for Informativity. Some polymorphic loci should be used for the investigation of the genetic differentiation of different dromedary races from Kenya and a bactrian race from Sibiria. For the investigations samples from two species of the old world camels (Camelus bactrianus and Camelus dromedarius) and two species of the new world camels (Llama pacos and Llama glama) were available. As DNA source full blood or leukocyte was used. The representation of the microsatellite loci was carried out with the help of the PCR and following fragment length analysis by means of an automated DNA-Sequencer (A.L.F.). The number of the alleles, their fragment lengths as well as the frequencies of allels and genotypes were computed per locus and taken as original data for estimation of invormativeness. Primer pairs for 34 sequenced loci were tested. 25 of this loci showed specific PCR amplifications with bactrian and dromedary and were therefore included into the further investigations. For instance one third of the loci were found as monomorph, the remaining loci were polymorph. 9 from 17 polymorphic loci showed more than ten alleles in all examined species. The genetic distances between the examined species, computed by means of new microsatellite loci, refer to clear differences between old and new world camels. With the investigations of some dromedary races from Kenya it was shown that the genetic distances estimated on the basis the new marker loci correlated with geographical distances between the races. The investigations supplied thus new informative markers for different genetic analysis in camel. The markers could be also important for the camel breeding (e.g. parentage testing).

Abstract (German)

Ziel der vorliegenden Untersuchungen war es, neue Primer für die Darstellung polymorpher Mikrosatellitenloci in verschiedenen Kamel-Spezies einzusetzen und neue Mikrosatellitenloci auf Informativität zu prüfen. Einige polymorphe Loci sollten beispielhaft für die Untersuchung der genetischen Unterscheidbarkeit verschiedener Dromedarrassen Kenias und einer Trampeltierrasse Sibiriens verwendet werden. Für die Untersuchungen stand Probenmaterial von zwei Spezies der Altwelt-Kameliden (Camelus bactrianus und Camelus dromedarius) und zwei Spezies der Neuwelt-Kameliden (Llama pacos und Llama glama) zu Verfügung. Als DNA-Quelle wurde Vollblut oder aus dem Blut gewonnene Leukozytenfraktion verwendet. Die Darstellung der Mikrosatellitenloci erfolgte mit Hilfe der PCR und nachfolgender Fragmentlängenanalyse im DNA-Sequenzierautomaten. Die Zahl der Allele, ihre Fragmentlängen sowie die Allel- und Genotypfrequenzen wurden pro Locus berechnet und als Ausgangsdaten für Informativitätsberechnungen genommen. Als Parameter der Informativität wurden Heterozygotiegrade, PIC-Index, effektive Anzahl der Allele und Ausschlusswahrscheinlichkeit für einen Markerlocus bzw. für mehrere Markerloci bei der Abstammungskontrolle berücksichtigt. Es wurden Primerpaare für 34 neu beim Trampeltier sequenzierte Loci getestet. 25 dieser Loci zeigten bei Trampeltier und Dromedar spezifische PCR-Amplifikationen und wurden deswegen in die weiteren Untersuchungen der Informativität einbezogen. Etwa ein Drittel der Loci erwies sich als monomorph, die übrigen Loci waren polymorph. Von den 17 polymorphen Loci wiesen neun mehr als zehn Allele auf, ermittelt über alle untersuchten Spezies. Elf Loci zeigten bei Trampeltier und Dromedar Heterozygotiegrade > 0,5. Aus den Ausschlusswahrscheinlichkeiten bei der Abstammungskontrolle ließ sich erkennen, dass ein aussagefähiges Markersystem für Elternschaftskontrollen beim Kamel etabliert werden konnte.

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Published in

Faculty
Faculty of Agricultural Sciences
Institute
Institute for Animal Husbandry and Animal Breeding

Examination date

2001-12-20

Supervisor

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https://hohpublica.uni-hohenheim.de/handle/123456789/4947

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Language
German

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Classification (DDC)
630 Agriculture

Collections

Institut für Nutztierwissenschaften

Original object

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Microsatellites Repeats Camelidae Genetic distance Mikrosatelliten Informativität

Standardized keywords (GND)

Polymorphismus Variabilität Marker Kamel

BibTeX

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