Entwicklung, Charakterisierung und Kartierung von Mikrosatellitenmarkern bei der Zuckerrübe (Beta vulgaris L.)

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dc.contributor.advisorGeiger, Hartwig H.de
dc.contributor.authorDörnte, Jostde
dc.date.accepted2001-10-21
dc.date.accessioned2024-04-08T08:35:49Z
dc.date.available2024-04-08T08:35:49Z
dc.date.created2002-04-15
dc.date.issued2001
dc.description.abstractSimple sequence repeats (SSRs) or microsatellites were isolated from a sugarbeet (Beta vulgaris L.) genomic phage library. The size-fractionated library was screened for the occurrence of the motifes (GA)n, (GT)n, (TGA)n, (AGA)n and (CCG)n. The motifes (GA)n and (GT)n were found to occur most frequently in the sugarbeet genome (every 225 kb). In contrast, the trimer motifes were half as frequent (every 527 kb). A total of 217 microsatellite sequences were found in the sequenced clones. Most of the repeats were imperfect and/or compound. Sequence comparison revealed that 23% of the clones wich containing the (GT)n motif are variants of a previously described satellite DNA (SCHMIDT et al. 1991). Of 102 primer pairs tested on sugarbeet DNA, 71 gave a single product in the expected size. On 23 sugarbeet samples 64 of the 71 SSR-markers reveald length polymorphisms. The number of detected alleles per marker ranged from 2 to 13 (average 4,9) and the PIC-values ranged from 0,17 to 0,86 (average 0,58). A cluster analysis of the 23 samples confirms the pedigree data. The developed SSR markers were compared with RFLP and AFLP markers. Therefore nine sugarbeet lines, each with five single plants per line, were analysed. The SSR analyse shows the lowest similarity between the nine lines. The similarity inside the lines revealed no differences between the marker assays. Thirtythree SSR markers were genetically mapped into the RFLP framework maps of 2 F2-populations. The markers are randomly distributed over eight linkage groups of sugar beet.en
dc.description.abstractAls Mikrosatelliten (MS), oder auch SSRs, werden DNA-Abschnitte bezeichnet, die sich aus einer mehrfachen Abfolge von kurzen DNA Sequenzen zusammensetzen. Die MS zeichnen sich dadurch aus, daß sie durch eine unterschiedliche Anzahl an Wiederholungseinheiten in der Länge variieren. Die aus MS entwickelten Marker zeigen einen hohen Polymorphiegrad, sind multiallelisch, kodominant und in großer Anzahl und mit gleichmäßiger Verteilung in eukaryotischen Genomen vorhanden. Das Ziel dieser Arbeit war es, festzustellen ob MS als molekulare Marker bei der Zuckerrübe genutzt werden können. Dazu sollte die Häufigkeit, der Polymorphiegrad und die Verteilung im Genom ermittelt werden. Aus genomischen Phagenbanken wurden Klone mit verschiedenen MS-Motiven isoliert. Dabei ergaben sich Häufigkeiten von einem Mikrosatelliten pro 225 bis 527 kb. Es wurden 217 MS-Sequenzen gefunden und sequenziert. Bei den (GT)n MS waren 23 der Sequenzen homolog zu der Satelliten-DNA "BamHI". Insgesamt konnten aus 102 Sequenzen Primerpaare abgeleitet werden, von denen 71 funktional waren. In einem Satz aus 23 Zuckerrübenlinien wurde der Polymorphiegrad der funktionalen Marker untersucht. Dabei erwiesen sich 64 von 71 Marker als polymorph. Bei den polymorphen Markern beträgt die Allelzahl je Locus im Durchschnitt 4,9 und reicht von 2 bis 13. Die PIC-Werte haben einen Mittelwert von 0,58 und reichen von 0,17 bis 0,86. Zum Vergleich der MS-Marker mit RFLP- und AFLP-Markern wurden neun Zuckerrübenlinien mit jeweils fünf Einzelpflanzen untersucht. Hier weisen die MS-Marker im Vergleich zu RFLP- und AFLP-Markern einen höheren Polymorphiegrad auf. In die genetischen Kopplungskarten von zwei F2-Populationen konnten 33 MS-Marker (47) integriert werden. Dabei sind die Marker gleichmäßig über die Chromosomen verteilt. Damit ist es möglich, mit Hilfe von MS-Markern, dichte genetische Kopplungskarten für die Zuckerrübe zu erstellen.de
dc.identifier.swb098666533
dc.identifier.urihttps://hohpublica.uni-hohenheim.de/handle/123456789/4950
dc.identifier.urnurn:nbn:de:bsz:100-opus-198
dc.language.isoger
dc.rights.licensepubl-ohne-poden
dc.rights.licensepubl-ohne-podde
dc.rights.urihttp://opus.uni-hohenheim.de/doku/lic_ubh.php
dc.subjectMicrosatellitesen
dc.subjectPCRen
dc.subjectMappingen
dc.subjectSugar beeten
dc.subjectSSRen
dc.subjectMikrosatellitenmarkerde
dc.subjectPhagenbankende
dc.subjectPICde
dc.subject.ddc630
dc.subject.gndMarkerde
dc.subject.gndZuckerrübede
dc.subject.gndSatelliten-DNSde
dc.subject.gndGenomde
dc.subject.gndKartierungde
dc.titleEntwicklung, Charakterisierung und Kartierung von Mikrosatellitenmarkern bei der Zuckerrübe (Beta vulgaris L.)de
dc.title.translatedDevelopment, characterisation and mapping of microsatellite-markers in sugar beetde
dc.type.dcmiTextde
dc.type.diniDoctoralThesisde
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local.accessuneingeschränkter Zugriffde
local.bibliographicCitation.publisherPlaceUniversität Hohenheimde
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local.export.bibtexAuthorDörnte, Jost
local.export.bibtexKeyDörnte2001
local.export.bibtexType@phdthesis
local.faculty.number2de
local.institute.number350de
local.opus.number19
local.universityUniversität Hohenheimde
local.university.facultyFaculty of Agricultural Sciencesen
local.university.facultyFakultät Agrarwissenschaftende
local.university.instituteInstitute for Plant Breeding, Seed Science and Population Geneticsen
local.university.instituteInstitut für Pflanzenzüchtung, Saatgutforschung und Populationsgenetikde
thesis.degree.levelthesis.doctoral

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Institut für Pflanzenzüchtung, Saatgutforschung und Populationsgenetik